In der Regel werden die Gottesdienste musikalisch von der Orgel begleitet und gestaltet. Der Orgelbaumeister Metzler fertigte im Jahr 1980 die Orgel in der Heiliggeistkirche nach historischen Vorbildern an. Sie bietet sich daher an, Musik aus der Entstehungszeit der Kirche, zum Beispiel Johann Sebastian Bach, authentisch zu interpretieren. Mit ihrem Farbenreichtum lädt die Orgel aber auch ein, mit Raum und Klang experimentell zu improvisieren. Zum Beispiel aus Anlass von Blues- oder Jodlergottesdiensten. Oder am «Zibelemärit». Ausserdem laden wir regelmässig Musikerinnen und Musiker der verschiedensten Stilrichtungen ein, um unsere Gottesdienste und Feiern zu gestalten. Denn Reichtum und Vielfalt sind uns wichtig - auch und gerade in der Musik. Zudem arbeiten wir mit verschiedenen Chören zusammen, z.B. mit dem Kantatenchor. Dieser erarbeitet als jeweils in sich abgeschlossenes Projekt eine Kantate (in der Regel von Johann Sebastian Bach) und bringt diese im Gottesdienst und in der Morgenmusik zur Aufführung. Die Sängerinnen und Sänger sollten in der Lage sein, ihren Part selbständig zu lernen.		Die Mittagskirche wird musikalisch gestaltet durch Studentinnen und Studenten der Hochschule für Musik in Bern. Aus der Stille heraus ergeben sich hier tiefe Hörerlebnisse (oft gerade auch durch den Einsatz von traditionell eher kirchenfremden Instrumenten wie Saxophon, Schlagzeug, Akkordeon u.a.).